Nội dung của phim Ba Chìm Bảy Nổi bắt đầu từ việc giáo sư Chung Văn Hiên (Lưu Tuấn Hiền) có quen biết với nữ học sinh Viên Gia Hân (Dương Linh), nhưng lại làm tên Hạ Tử Kỳ (Ngô Thoại Đình) hiểu lầm rằng Hiên muốn đoạt người yêu của hắn, vì thế mà hắn đã tìm cách vu oan giá họa Hiên. Trong khi đó, cảnh sát Phương Trung Nghĩa (Lưu Giang) lại đang có thành kiến với Hiên, hơn nữa anh trai của Kỳ là Hạ Tử Hào (Hoàng Thu Sanh) lại là thanh tra cảnh sát bào chữa cho Kỳ, vì thế mà rốt cuộc Hiên bị oan vào tù.

Trong thời gian đó, mẹ của Hiên là Hà Ngọc Hảo (Tương Ỷ) đột nhiên qua đời, vợ của Hiên từ đó cũng bỏ đi, còn cô cháu gái của Hiên là Vương Thanh Linh (Trần Bội San) thì đâm ra chán nản. Tưởng rằng cuộc sống đi vào đường cụt không thể đứng dậy được nữa, may mắn thay khi Hiên được bạn hồng nhan tri kỷ Phương Đồng (Trần Tú Văn) khích lệ, sau đó Hiên lại quen với cô Mạc Vịnh Hoàn (Mạch Thúy Nhàn). Thời gian này, Hiên vừa phải tìm cách rửa tội cho bản thân lại vừa phải giải quyết chuyện tình cảm của mình.