Nội dung của phim Mưu Dũng Kỳ Phùng 2 xoay quanh một cô nương tên là Trần Tế Muội (Trịnh Hy Di), vốn mất cha ngay từ khi còn nhỏ, cô sống tự lập với tính tình thẳng thắn, quyết chí giúp đỡ dân lành, vì thế mà cô được người dân ở huyện Lương Tài hết mực yêu mến. Đáng tiếc, cô làm việc lại hấp tấp vội vàng lại quá nhiệt tình, nên đã gây ra sự hiểu lầm với quan nông mới lên chức là Tạ Hoàng Thượng (Mã Tuấn Vĩ), khiến anh luôn nghĩ cô là một kẻ xấu. Quan hệ giữa hai người càng lúc càng căng thẳng, thế nên Thượng phải luôn tránh né Muội. Trong khi đó, cha của Thượng là Tạ Thương Thiên (Hạ Vũ) vì muốn giúp con thăng quan tiến chức, nên sắp xếp một người thông minh tài trí là Đới Tùng Văn (Lê Diệu Tường) ở bên cạnh để dâng mưu hiến kế cho con mình, đồng thời cũng đưa bốn nha sai là Cháo, Bột, Mì, Cơm ngày đêm bảo vệ cho Thượng.

Một ngày nọ, Thượng bị quan tham ở tràng sa hãm hại suýt phải chịu hình phạt nặng, cũng may Muội và Văn đã đến giải cứu kịp thời, đem chén Bạch Ngọc mà Hoàng Thượng ngự ban để thay kim bài miễn tử, tuy nhiên, điều không ai ngờ tới chính là việc chiếc chén Bạch Ngọc họ đang dùng là giả, thế nhưng trong lúc nguy cấp nhất, Văn đã lanh trí cứu được Thượng. Muội và Thượng cùng trải qua nhiều hoạn nạn, dần dần Muội nãy sinh tình cảm với Thượng, nhưng Thượng sợ đêm dài lắm mộng nên cùng Văn nghĩ cách để thoát khỏi Muội, nhưng nào có ngờ rằng Thượng lại bị một kẻ thần bí truy sát…