Tương tự như phần 2, Phi Hổ Cực Chiến phần 3 sẽ có cốt truyện hoàn toàn khác so với 2 phần trước, mặc dù dàn diễn viên tham gia tương đối giống với những phần trước đó, trong đó phải kể tới cặp chủ lực Huỳnh Tông Trạch – Ngô Trác Hy. Trong khi, bên cạnh những cái tên thực lực như Miêu Kiều Vỹ, Mã Quốc Minh, Trần Hào, Mã Đức Chung hay Vương Mẫn Đức, phim cũng có thêm sự góp mặt của những “sao nữ” gây nhiều tranh cãi trong diễn xuất như Thái Tư Bối và Trần Oánh.

Phi Hổ Cực Chiến phần 3 bắt đầu từ một vụ mua bán vũ khí hóa học, dẫn đến sự dòm ngó của một tổ chức khủng bố lớn, kéo theo xảy ra vụ bắt cóc, uy hiếp con tin ở trung tâm đại nhạc hội. Trương Gia Hiên (Huỳnh Tông Trạch), Cao Tử Lạc (Ngô Trác Hy) và Dư Hiểu Hân (Thái Tư Bối) là những thành viên của đội Phi Hổ, vô tình bị dính líu vào vụ án. Họ cùng với cảnh sát điểm O Hà Gia Bảo (Trần Oánh), bị nhóm khủng bố bắt giữ tại hiện trường. Tổng chỉ huy đội Phi Hổ là Phạm Thiếu Phong (Trần Hào) cùng đội trưởng đội chi viện Phi Hổ là Trương Vĩ Hoa (Trương Triệu Huy), nhận lệnh lập tức hành động.

Một cuộc chiến cân não giữa cảnh sát và các phần tử khủng bố bắt đầu. Nhờ trong ứng ngoại hợp nên cuối cùng Phi Hổ cũng giải trừ mối nguy cũng như thành công trong việc cứu con tin. Thế nhưng tên chủ mưu của nhóm khủng bố tẩu thoát, trong khi thân phận của kẻ bán vũ khí hóa học vẫn chưa bị vạch trần, khiến Hồng Kông lâm vào cục diện vô cùng nguy hiểm. Đội Phi Hổ gấp rút luyện tập ứng phó, tuy nhiên trong lần hành động kế tiếp, họ đã bị sập bẫy, thương vong rất lớn….