Dựa theo cuốn tiểu thuyết của trẻ em có cùng tên của nhà văn Dav Pilkey, câu chuyện của phim Siêu Nhân Quần Chíp bắt đầu với George và Harold, những người được gọi vào văn phòng hiệu trưởng rất hung dữ và nghiêm khắc của họ. Như thường lệ, chúng không được tốt và như thường lệ, người vô đạo sắp ném cuốn sách cho các chàng trai … đưa họ đến các lớp học riêng biệt … điều đó thật kinh khủng vì chúng là 2 người bạn tốt nhất của nhau. Tuy nhiên, trong tuyệt vọng, George cố gắng hạ thấp giá rẻ của mình, anh ta có trong một hộp ngũ cốc và đáng kinh ngạc nó hoạt động … biến các hiệu trưởng vào nô lệ của các chàng trai.

Họ quyết định làm cho anh ta trở thành Captain Underpants (Đội trưởng quần chíp), vốn được biết tới là một anh hùng trong truyện tranh mà các chàng trai đã tạo ra. Và, giống như nhân vật này, hiệu trưởng bắt đầu chạy xung quanh thị trấn để chống tội phạm … trong bộ đồ lót của mình. Số ít các cậu bé nhận ra rằng họ sẽ cần sự giúp đỡ của ông ta khi giáo sư Poopypants ác độc sẽ đến với vũ khí mới nhất của ông ta.